Les plus fréquentes affections peuvent être classées comme suit :

•   Les parasites : De nombreux micro-organismes peuvent parasiter les poissons à tous niveaux et développer à une vitesse exponentielle des colonies d'une extrême agressivité.
•   Les mycoses : Spores et filaments présents se développent à partir des plaies des poissons affaiblis par un traumatisme externe parfois superficiel.
•   Les bactéries : elles sont présente dans tous les milieux. Les variations de quantité et de qualité des colonies bactériennes révèlent et engendrent des variations de la qualité du milieu.
•   Les virus : Le milieu de la pisciculture n'a jamais développé d'infection virale contagieuse morbide.

Les moyens de lutte disponibles :

•   Respect du confort animal. (comportement, environnement, densité, manipulations, prédation...).
•   Surveillance des variations de la qualité physico-chimique de l'eau.
•   Anticipation des événements cycliques (variations saisonnières, reproduction...).
•   Entretien général du matériel, des abords et du milieu d'élevage.